A Freguesia da Misericórdia resulta da agregação das antigas Freguesias da Encarnação, Mercês, Santa Catarina e São Paulo. A origem do nome da Freguesia deve-se essencialmente à localização da sede da Santa Casa da Misericórdia, na Igreja e Casa Professa de São Roque, desde 1768.
O território hoje conhecido como Misericórdia foi, ao longo dos séculos, casa de diversas instituições religiosas de apoio à infância, para cristianização de mouros e judeus e para o recolhimento de mulheres penitentes. Com a expulsão dos jesuítas, as casas da Companhia de Jesus foram doadas à Santa Casa da Misericórdia.
Igualmente ligada à produção agrícola, a Freguesia e as suas colinas abasteciam a cidade na época muçulmana, principalmente através da produção de oliveiras, frutos e cereais. Com os Descobrimentos, o bairro cresceu para Norte, adquirindo uma população mais ligada às atividades marítimas.
Séculos mais tarde, a importância estratégica e comercial desde “bairro marinheiro” tornou prioritária a sua reconstrução após o Terramoto de 1755. Apesar dos estragos, a estrutura dos arruamentos não foi alterada, nascendo então o Cais do Sodré, nome que homenageia Vicente Sodré, navegador responsável pela pelos primeiros contactos comerciais e diplomáticos com a Índia.
A presença da nobreza no território ficou igualmente marcada pela construção de inúmeros palácios, como é o caso dos Palácios Cunhal das Bolas, Alvito, Almada Carvalhais, Marquês de Ficalho, Conde de Lumiares, Marquês das Minas, Bichinho de Conta, Ludovice e Condes de Tomar, entre outros.
Local de agregação de uma classe artística foram várias as figuras da vida cultural e política que viveram no antigo e atual território da Freguesia. Podem destacar-se nomes como o de Sebastião José de Carvalho e Melo, Manuel Maria Barbosa l'Hedois du Bocage, Almeida Garrett, Alexandre Herculano, Camilo Castelo Branco, Ramalho Ortigão, Gonçalves Crespo, Abel Manta e António Quadros.
No séc. XIX, o território continuou a congregar artistas e intelectuais, que frequentavam os seus teatros e cafés. Também a imprensa se instalou no espaço da atual Freguesia, ocupando palácios devolutos. Jornais como o Diário de Notícias, o Revolução de Lisboa, o Mundo e o Século animaram assim a vida noturna do bairro, que se tornava cada vez mais acessível com os novos elevadores da Glória, da Bica e da Estrela.
O bairro popular das festas, arraiais e marchas convive hoje com a mais atual cultura urbana, com novos restaurantes, bares e tabernas, no Bairro Alto, junto ao rio e no Cais do Sodré.
A Freguesia da Misericórdia, com um território de 1,11 km2 de extensão, possui cerca de dez mil habitantes.